Nació el 27 de Noviembre de 1841. Hijo de un banderillero, Manuel Molina "Niño de Dios"; tuvo tres hermanos que también estuvieron relacionados con el mundo de los toros. Comenzó Rafael Molina su oficio de torero siendo conocido entre los aficionados como "El Chico", pero su agilidad, comparable a la de una lagartija, hizo que con el tiempo tomase el apodo por el que fue conocido. El 8 de Diciembre de 1852, a la edad de once años, apareció por primera vez su nombre en los carteles, en una corrida organizada por el Ayuntamiento de Córdoba, actuando como banderillero. Con veintiún años de edad, el 24 de septiembre de 1862, se anunció como matador de toros en la plaza de Bujalance, con una cuadrilla de noveles torerillos. No se puede precisar la fecha y la plaza en la que tomó la alternativa. Unos opinan que fue en Úbeda (Jaén) y otros en Madrid. Lo cierto es que en 1865 se celebraron las dos corridas y en ambas se le cedieron un toro.

Lagartijo es considerado como uno de los toreros más completos de la historia. Fino con el capote, agilísimo banderillero, poderoso muleta en mano y seguro con el acero. Triunfó en todas las plazas y fue aclamado por todos los públicos, de ahí que el periodista Mariano de Cavia le adjudicase el apelativo de "I Califa del Toreo".

En 1893, después de una serie de cinco corridas organizadas en la principales plazas de España, Zaragoza, Bilbao, Barcelona, Valencia y Madrid, Rafael Molina Sánchez "Lagartijo" se retiró de los toros tras intervenir en 1632 corridas y estoquear 4687 astados, cifra no alcanzada por torero alguno...

Refugiado en su ciudad natal, falleció en su domicilio cordobés de la calle Osario, el 1 de agosto de 1900. Su entierro constituyó un acontecimiento social de sentimiento popular. Su mausoleo, labrado en mármol blanco, es una bella obra del escultor cordobés Mateo Inurria.